La seguridad es un problema obvio para cualquier sistema de comercio electrónico.

A pesar de los notables avances para aumentar el nivel de seguridad de las transacciones en la red, existe aún en la gente el miedo a que terceros intercepten las informaciones. Desde el punto de vista tecnológico, el tema de seguridad en la red es un hecho, gracias a las denominadas transacciones seguras.

Recientemente fue creada el programa Transacción Electrónica de Seguridad estándar (SET) para la seguridad de las informaciones que transitan por la red en el momento de efectuarse una transacción. El número de la tarjeta de crédito o el de la tarjeta del banco es un ejemplo típico. Con este recurso se logra reforzar la seguridad de las transacciones y dar una mayor confianza a los usuarios en el momento de efectuar una comprar a través de Internet.

Estos programas de confidencialidad y seguridad son creados y mejorados diariamente. Los procesos de encriptación permiten transmitir información con niveles de seguridad inobjetables. Sistemas de acreditación ante instituciones bancarias o empresas en general evitan el tránsito continuo de información en la red, dejando ciertas informaciones en la propia máquina del cliente.